流式細胞周期檢測本文將主要以細胞生物學、免疫學和分子生物學為例，介紹流式細胞術在實際中的應用。

細胞周期檢測使用飽和量的DNA結合染料對DNA進行染色。在大多數情況下，使用70%乙醇溶液固定細胞，使細胞通透，然后使用染料(PI, 7AAD, DAPI)染色。當然，也可以使用破膜劑對細胞進行處理，直接對活細胞進行周期檢測（聯科生物周期檢測試劑盒就提供了破膜劑）。此外，個別染料可以進入活細胞，在不傷害細胞的情況下染色DNA，比如Hoescht 33342。在細胞周期檢測中，以低流速線性放大的方式采集樣本，然后使用倍性建模軟件進行分析，以確定細胞所處的階段。RNA流式細胞術將傳統流式細胞術和熒光原位雜交(FISH)結合應用，檢測RNA表達和蛋白表達。當無法檢測目標蛋白表達，但可以檢測RNA表達時，這種技術就可以發揮作用。

流式細胞分選

細胞分選利用流式細胞分選儀來分離純化細胞或顆粒以供進一步分析。基本上，任何具有熒光的細胞或顆粒都可以被分選。細胞可以被分選到96孔板、384孔板、管中和載玻片上。常見的樣本有表達熒光蛋白的轉染細胞、干細胞、腫瘤浸潤淋巴細胞、腫瘤細胞和白細胞群。細胞分選需要考慮的一個主要因素，是對大量細胞進行染色時，增加所需的抗體量。

其他應用絕對細胞計數

絕對細胞計數可用于任何免疫分型研究，該技術利用隨樣本一起采集的已知濃度的熒光珠對樣本進行分析，并將目的細胞群的門控數量與在同一樣本中獲得的熒光珠數量進行比較，以計算生成單位體積內的細胞數量。
小顆粒檢測和分選使用高靈敏度的流式細胞儀，可以檢測和分選外泌體和其他亞微米顆粒。細胞外泌體、病毒和其他顆粒的分析在多個領域得到應用，包括癌癥生物學、癌癥治療和疫苗開發。隨著不斷發展，近年來，流式細胞術也開始在吞噬作用分析、多重微珠陣列檢測、細胞定量分析等研究中得到應用。
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